Jésus emploie cette expression pour expliquer au savant Nicodème que l’entrée dans le Royaume de Dieu n’est pas une affaire de généalogie (naissance biologique) ou de connaissance humaine, mais avant tout une expérience qui se vit sur le plan spirituel, dans le domaine de l’Esprit. C’est à dire reconnaître tout d’abord que Dieu est notre Père, et ensuite que Lui seul peut par son Esprit nous donner la foi et nous permettre d’entrer dans son Royaume.
La mention de l’eau fait référence au rite du baptême, déjà connu du temps de Jésus, et qui symbolisait déjà un passage de la vie mortelle à la vie éternelle avec Dieu. Depuis 2000 ans les chrétiens ont utiliséé ce verset pour, au-delà du rite, interpréter le baptême comme une nouvelle naissance.
On trouve déjà cette promesse d’une nouvelle vie avec Dieu dans le premier testament, par exemple dans le livre du prophète Ezéchiel (36, 26) : Je vous donnerai un cœur neuf et je mettrai en vous un esprit neuf ; j’enlèverai de votre corps le cœur de pierre et je vous donnerai un cœur de chair.