Il me semble qu’il y a deux niveaux dans ce problème : le niveau juridique et le niveau spirituel.
Pour le premier, la question est : qui a l’autorité parentale ? Si c’est le père de l’enfant et vous, il me semble difficile de contourner son refus, quelles que soient ses raisons. Mais peut-être y a-t-il des possibilités de conciliation par un tiers ?
Quant au second niveau, il faut reconnaître que, si Dieu nous parle par le baptême pour nous dire sa parole d’adoption et de salut, il n’est pas limité par ce moyen qu’il nous a donné pour que nous entendions et recevions cette parole. Le baptême n’opère pas magiquement. Si baptiser votre enfant vous est impossible malgré vous, il vous est sans doute loisible de lui (faire) donner une instruction religieuse, peut-être le faites-vous déjà… L’important est de faire connaître Jésus à votre fils, et l’amour que Dieu lui porte. Vous pouvez aussi lui faire comprendre que son père a ses raisons, et que ça n’empêche rien entre lui et Dieu, que Dieu lui parle aussi par vous et par son groupe de catéchèse, que c’est dans la Bible qu’on apprend à le connaître mieux, et qu’il pourra recevoir le baptême plus tard, quand il sera libre de le demander.
Le baptême, comme la cène, sont des aides que Dieu nous donne. S’il nous est impossible d’y participer, Dieu s’arrange autrement pour nous communiquer le salut qui est nôtre par la mort et la résurrection de Jésus. D’ailleurs, d’autres Églises ne baptisent que les adultes qui professent leur foi. Notre propre attachement au baptême de nos enfants ne saurait nous faire oublier que l’important n’est pas ce que nous faisons, mais ce que Dieu fait pour nous.