Il n’y a pas d’explication certaine. La Pâques chrétienne, la mort et la résurrection du Christ, a bien lieu à l’occasion de la Pâque (d’un mot hébreu signifiant « passage ») juive, et en accomplit pleinement le sens et la portée pour les chrétiens (1Corinthiens 5,7) en libérant l’Homme de la puissance du péché (voir par exemple Romains 6). Il n’y a donc pas de raison de les orthographier différemment. Mais, au Moyen-Age, on constate que le terme est utilisé, en latin, indifféremment au singulier et au pluriel pour désigner les deux fêtes. On rencontre aussi au XVe siècle l’expression « faire ses pâques » pour désigner des pratiques ayant cours à l’occasion de la fête chrétienne. Sans doute que, progressivement, la différence d’usage et d’orthographe a permis de distinguer, en latin puis en Français, les deux fêtes.