Il est vrai que dès après le récit du meurtre d’Abel par son frère et de l’exil de Caïn à l’est d’Eden, il nous est dit que Caïn a eu un fils, Hénoch, de son épouse, donnant naissance a une lignée que la Genèse distinguera de la lignée de Seth, un autre fils d’Adam (Genèse ch.5). Cette lignée de Caïn sera marquée par l’essor des techniques, de la ville, des civilisations humaines mais aussi de la violence et du meurtre (voir Lémek, en 4,23-24), annonçant déjà le déluge (Gn 6 à 9).
Cette épouse est donc présentée comme la mère des civilisations, tout comme Eve a été la mère de tous les vivants (Gn 3,20). Considérer le texte comme une chronique historique au sens moderne du texte (donc prendre le récit de la création d’Adam et d’Eve, puis de leurs enfants au pied de la lettre) mènerait à la difficulté que vous relevez. L’intention des auteurs de la Genèse, notamment des chapitres 1 à 11, n’est pas de nous livrer une biographie de la famille d’Adam mais une réflexion sur l’homme et sa condition de créature révoltée contre Dieu, et d’éclairer l’origine de toute vie, comme celle du mal et de la mort. Pour cela, ils se sont servis de traditions littéraires du Proche-Orient ancien (par exemple le déluge, attesté également à Babylone et ailleurs), et notamment de généalogies pour rappeler qu’il est bien question de l’histoire des hommes et pas d’un arrière-monde mythologique !